ACTAECOLOGICASINICA
生态学报
Vol.41,No.11Jun.,2021
DOI:10.5846/stxb2019071214694577⁃4585.
陈竹,郭岩彬,孟凡乔,邵小明,刘宝驹,吴文良.施肥方式对干旱半干旱地区土壤氨氧化微生物数量和群落的影响.生态学报,2021,41(11):ChenZ,GuoYB,MengFQ,ShaoXM,LiuBJ,WuWL.Effectsoflong⁃termdifferentfertilizationregimesontheabundanceandcommunitystructureofammoniaoxidizersinsemi⁃aridecosystem.ActaEcologicaSinica,2021,41(11):4577⁃4585.
施肥方式对干旱半干旱地区土壤氨氧化微生物数量和群落的影响
陈 竹1,2,郭岩彬1,孟凡乔1,邵小明1,刘宝驹1,吴文良1,∗
1中国农业大学资源与环境学院,北京 1000002贵州大学农学院,贵阳 550000
摘要:氨氧化是硝化作用的限速步骤,也是评估土壤氮循环和提高氮肥利用效率的重要指标。以内蒙古农牧业科学院旱作实验站长期定位实验为基础,通过实时荧光定量PCR和末端限制性片段长度多态性分析,研究了5种施肥方式(单施氮肥、单施有机肥、氮磷钾配施、有机无机配施和不施肥)对土壤氨氧化古菌(AOA)和氨氧化细菌(AOB)群落丰度、结构和活性的影响。结果表明:单施氮肥、氮磷钾肥配施以及有机无机肥配施均能显著提高AOB的丰度以及土壤硝化潜势。Nitrosospiriacluster3a.1是不施肥土壤中主要的AOB种群,而施用氮肥后优势种群转变为Nitrosospiriacluster3a.2。Nitrosospiriacluster3b的比例在施用有机肥处理土壤中显著升高。在干旱半干旱地区,土壤pH和含水量是解释AOB群落结构变化的关键环境因子。AOA的丰度在单独施用氮肥处理中显著升高,但不同施肥方式对AOA的群落结构没有显著影响。关键词:干旱半干旱地区;氨氧化古菌;氨氧化细菌;群落结构;长期定位施肥
Effectsoflong⁃termdifferentfertilizationregimesontheabundanceandcommunitystructureofammoniaoxidizersinsemi⁃aridecosystem
1CollageofResourcesandEnvironmentSciences,ChinaAgriculturalUniversity,Beijing100000,China2CollageofAgricultural,GuizhouUniversity,Guiyang550000,China
CHENZhu1,2,GUOYanbing1,MENGFanqiao1,SHAOXiaoming1,LIUBaoju1,WUWenliang1,∗
Abstract:Ammoniaoxidationisarate-limitingstepofnitrificationandanimportantindextoevaluatenitrogencyclinginsoil.Real⁃timePCR,terminalrestrictionfragmentlengthpolymorphismandclonelibraryanalysiswereusedtoinvestigatetheeffectsoflong⁃termdifferentfertilizationregimesontheabundanceandcommunitystructureofammoniaoxidizersinalong⁃termlocalizationexperimentinthedryfarmingstationoftheInnerMongoliaAcademyofAgriculturalandAnimalHusbandrySciences.Fivetreatmentswerecomparedincludingchemicalnitrogen(N)fertilization,chemicalnitrogen,phosphorousandPotassiumfertilization(NPK),manureonly(O),NPKplusmanure(NPK+O),andnofertilizerascontrol.Theresultsshowedthattheabundanceofammonia⁃oxidizingbacteria(AOB)andnitrificationpotentialweresignificantlyincreasedinN,NPK,andNPK+Otreatments.ThesequencesofAOBinthecontrolsoilweremostlyaffiliatedwithgenusNitrosospiraclusters3a.1.ThesoiltreatedwithNincreasedtheabundanceofAOBthatbelongedtoNitrosospira
基金项目:国家自然科学基金地区基金项目(31860115);贵州省教育厅青年科技人才成长项目(黔教合KY字【2018】100);贵州大学引进人才科研项目(贵大人基合字(2016)47号);贵州大学线上线下混合式课程建设项目《植物营养学》收稿日期:2019⁃07⁃12; 网络出版日期:2021⁃04⁃06∗通讯作者Correspondingauthor.E⁃mail:wuwenl@cau.edu.cn
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clusters3a.2.Incontrast,theO⁃treatedsoilshowedmoreabundantAOBthatbelongedtoNitrosospiraclusters3b.Inthesemi⁃aridecosystem,thesoilpHandsoilmoisturewereidentifiedasthedominantdriversoftheAOBcommunitystructure.didnothavesignificanteffectontheAOAcommunitystructure.
Theabundanceofammonia⁃oxidizingarchaea(AOA)wasonlyincreasedbyapplyingofurea,whiledifferentfertilizations
KeyWords:semi⁃aridecosystem;ammonia⁃oxidizingarchaea;ammonia⁃oxidizingbacteria;communitystructure;long⁃termfertilization
硝化作用介导铵态氮向硝态氮转化的过程,它不仅影响氮对植物的有效性,还与面源污染和温室气体排放有关[1]。氨氧化是硝化作用的限速步骤,也是评估土壤氮循环的重要指标[2]。氨氧化古菌(ammonia⁃oxidizingarchaea,AOA)、氨氧化细菌(ammonia⁃oxidizingbacteria,AOB)物(completeammoniaoxidizer,Comammox)
[5]
[2⁃4]
和新近发现的全程氨氧化微生
是氨氧化的主要参与者。AOA是强酸性土壤中氨氧化作用的
主要驱动者[6],但AOA最高仅能耐受20mM的铵,这远低于多数AOB适宜的铵浓度(50—1000mmol/L[7]),因此在高氮或碱性土壤中,氨氧化过程多由AOB主导[8⁃9]。
长期定位施肥会对氨氧化微生物的活性、群落丰度和结构产生深刻影响[10]。大量研究表明,中性和碱性
土壤上施用氮肥只改变AOB的群落组成和丰度,酸性土壤上则影响AOA[11⁃14]。但杨亚东等[15]和罗培宇等[16]对水稻土和东北棕壤研究结果表明,施用氮肥后AOA和AOB的群落丰度和多样性都显著升高。这表明淹水、低温和干旱等极端环境下可能产生独特的氨氧化微生物种群,它们对施肥的响应有待进一步研究。在这一地区非常突出。目前,对干旱半干旱地区农田土壤氨氧化微生物影响的报道较少。本研究以内蒙古农牧业科学院旱作实验站的长期定位实验为基础,利用实时荧光定量PCR、末端限制性片段长度多态性(TerminalRestrictionFragmentLengthPolymorphism,T⁃RFLP)和克隆文库分析:1)长期施用化肥、有机肥对干旱半干旱地区农田土壤AOB和AOA群落数量、结构以及活性的影响;2)影响AOB、AOA群落变化的主要环境因子。1 材料与方法
1.1 实验设计与样品采集
地属于温带大陆性季风气候,年平均气温2.5℃,年降雨量343.6mm。试验始于2004年,采用马铃薯—油菜—莜麦一年一熟轮作制。共设置5个处理,肥料用量及配比根据测土配方施肥确定:对照(CK,不使用肥料)、氮(N,单施尿素,60Nkg/hm2)、有机肥(O,单施羊粪,37.5Nkg/hm2,15P2O5kg/hm2,55.5K2Okg/hm2)、氮磷钾(NPK,尿素+磷酸二铵+氯化钾,60Nkg/hm2,45P2O5kg/hm2,30K2Okg/hm2)、氮磷钾+有机肥(NPK+O,尿素+磷酸二铵+氯化钾(60Nkg/hm2,45P2O5kg/hm2,30K2Okg/hm2)+羊粪(37.5N
本研究土壤样品采自中国农业大学武川长期定位试验地(40°59′N,110°33′E),土壤为栗钙土[18]。该干旱半干旱生态系统占全球陆地面积的41%,全球约有38%的人口居住于此[17],发展和可持续的矛盾
kg/hm2,15P2O5kg/hm2,55.5K2Okg/hm2))。化肥混匀后在播种时开沟侧施,有机肥于每年作物播种前均2012年7月采集,地上部作物为莜麦。每小区用土钻随机采集5个土壤样品后均匀混合。土壤样品过2mm筛后,用于DNA提取和酶活测定的样品保存于-80℃,其余样品风干后保存待测。1.2 土壤理化性质测定
土壤pH以水土比1∶2.5测定。土壤铵态氮及硝态氮用流动分析仪(Bran⁃Luebbe,Germany)测定。土壤有机质和全氮用碳氮分析仪(ThermoFischer,USA)测定。土壤磷酸盐的测定依据Olsen等[19]的方法。土壤PNR采用氯酸钾抑制法测定[20]。
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匀撒在地表,随翻土施入。每个处理三个重复,随机区组排列,小区面积3m2,试验区面积50m2。样品于
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1.3 DNA的提取及氨氧化微生物amoA基因实时荧光定量PCR测定
土壤DNA由0.25g土壤用PowerSoilDNAIsolationKit(Mobio,USA)依据说明书提取。AOB的amoA基因实时荧光定量PCR引物为amoA⁃1F/amoA⁃2R[21]。反应程序为:94℃预变性120s;94℃变性45s,57℃退火1min,72℃延伸45s,共35个循环。AOA的amoA基因实时荧光定量PCR引物为CrenamoA23f/CrenamoA616r[22]。反应程序为:94℃预变性2min;94℃变性45s,53℃退火1min,72℃延伸45s,共35
个循环。反应体系均为20μL:10μLSYBRPremixExTaq(Takara,大连),上下游引物各1μL,2μLBSA,1μL的模板或标线DNA,6μL灭菌超纯水。标准曲线以AOA和AOB的amoA基因克隆制备质粒。AOA在83℃收集反应荧光信号,氨氧化细菌在81℃收集反应荧光信号以防止引物二聚体所引起的误差。反应完成后设置溶解曲线用以检验产物的特异性,其程序为55℃至99℃之间,每1℃读数一次。qPCR扩增反应在ABI7500Real-timePCR(ABI,USA)上进行。1.4 amoA基因的T⁃RFLP分析
AOBamoA基因的T⁃RFLP分析用amoA⁃2R和6⁃carboxyfluorescein(FAM)标记的amoA⁃1F作为引物。
PCR程序为94℃变性5min;然后94℃变性30s、57℃退火30s、72℃延伸60s,共35个循环;最后72℃
延伸10min。电泳检测PCR产物特异性,用PCR产物纯化试剂盒(Axygen,USA)纯化。纯化产物用限制性内切酶MspI(NEB,UK)酶切。AOAamoA基因的T⁃RFLP分析用CrenamoA616r和FAM标记的CrenamoA23f作为引物。PCR程序为94℃变性5min;然后94℃变性30s、60℃退火30s、72℃延伸60s,共35个循环;最后72℃延伸10min。电泳检测PCR产物特异性,然后用PCR产物纯化试剂盒(Axygen)纯化PCR产物。纯化产物用限制性内切酶MboI(NEB)酶切。酶切产物与甲酰胺和GeneScanTM⁃500Liz(ABI)混合。酶切片段长度用ABI⁃PRISM3030XLGeneticAnalyzer(ABI,UK)软件检测。每个峰的相对丰度用GeneMarkerversion2.2(http://www.softgenetics.com)软件进行分析。1.5 克隆文库的构建与分析
将每个处理3个重复的DNA单独进行PCR扩增,扩增体系同1.4。每个处理的PCR产物等体积混合后用pEASY⁃T1载体(TransGenBiotech,Beijing)进行克隆并测序。序列由BLAST⁃N在线比对验证。AOB和1.6 统计分析
AOA分别构建5个文库,每个文库包含12条序列。用MEGAv.4.0以neighbor⁃joining法构建进化树。
使用one⁃wayANOVA的Duncan′s检验在P<0.05水平计算各指标在处理间的差异显著性。用Spearman相关性指数计算各指标之间的相关性。用R语言(http://www.R⁃project.org)的“Vegan”程序包进行ANOSIM分析以比较处理间AOB和AOA的群落结构的相似性,冗余分析(redundancyanalysis,RDA)结合BIOENV来分析环境因子对群落的影响,控制方差膨胀因子使其小于10,并用蒙特卡洛置换检验分析环境因子和群落之间的相关性。2 结果
2.1 土壤理化性质
-
和SOC含量都显著低于其他处理(表1)。与CK相比,N处理土壤的TN、NH+4和NO3含量显著升高,而土
-
受长期耕作却未及时补充肥料的影响,CK土壤中有效态营养成分(NH+4、NO3和有效磷)以及TN、TC
壤pH显著降低。施用有机肥处理(O和NPK+O)土壤的TC、TN和SOC含量显著高于其他处理。受磷肥施用影响,土壤磷酸盐含量由高到低依次是NPK+O>NPK≈O>N≈CK。2.2 硝化潜式和氨氧化微生物群落丰度
PNR与AOB和AOA的amoA基因拷贝数分别呈极显著正相关(r=0.912,P<0.01)和显著正相关(r=0.542,=0.663,P<0.01;表2)和NH+=0.598,P<0.05;表2)显著正相关。P<0.05;表2)。PNR与NO-3(r4含量(r
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施用尿素的处理(N、NPK和NPK+O)土壤的PNR显著高于O处理和CK(图1)。相关性分析表明,
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表1 土壤理化性质
Table1 Soilphysico⁃chemicalproperties
41卷
处理Treatment含水量Moistrue/%pH(H2O)
全碳TotalCarbon/(g/kg)全氮TotalNitrogen/(g/kg)碳氮比C/Nratio
有机碳SoilOrganicCarbon/(g/kg)铵态氮NH+4⁃N/(mg/kg)硝态氮NO-3⁃N/(mg/kg)磷酸盐Phosphate/(mg/kg)
对照
CK7.05±0.67a7.69±0.11ab8.43±0.23c0.78±0.04c10.38±0.38a7.65±0.25c8.64±0.70b47.44±1.41c8.88±0.31c
氮N6.90±0.57a7.58±0.09b0.89±0.11b10.13±0.28b7.99±0.28c13.31±1.51a27.89±4.47a45.36±2.85c8.99±0.86bc
有机肥O7.54±0.27a12.38±0.39a1.13±0.03a10.91±0.09a10.07±0.86ab10.84±1.36bc66.15±3.28b8.55±1.75ab7.82±0.02a
氮磷钾NPK6.41±0.54a7.82±0.05a9.49±0.43b0.90±0.05b10.58±0.14ab8.79±0.28bc10.75±1.03bc66.69±1.87b7.09±0.54b
氮磷钾+有机肥
NPK+O7.13±0.43a12.25±0.48a1.13±0.04a10.86±0.31a11.34±0.25a10.54±3.97ab18.85±4.59ab83.89±2.64a7.71±0.08ab
∗处理:不施肥(CK);氮(N);有机肥(OM);氮磷钾(NPK);氮磷钾+常量有机肥(NPK+O)。平均值±标准误(n=3);同一行中所带字母不相同,表示处理之间有显著差异性(P<0.05)
图1 不同处理土壤的硝化潜式和氨氧化细菌和氨氧化古菌的数量
Fig.1 Potentialnitrificationrate,bacterialandarchaeaamoAgenesabundancesindifferenttreatment
∗处理:不施肥(CK);氮(N);有机肥(O);氮磷钾(NPK);氮磷钾+有机肥(NPK+O);平均值+标准误(n=3);不同字母表示不同处理间有显著差异性(P<0.05)
表2 AOA、AOB丰度与PNR、土壤化学性质的相关性
Table2 Correlationcoefficientsbetweenammoniaoxidizersabundance,soilpropertiesandPNR含水量Moistrue
氨氧化古菌AOA氨氧化细菌AOB硝化潜式PNR
-0.477-0.166-0.042
pH-0.276-0.343-0.38
全碳Totalcarbon-0.1390.170.172
全氮Totalnitrogen-0.0340.2690.274
碳氮比C/Nratio-0.545∗-0.402-0.401
有机碳Soilorganiccarbon-0.1710.3450.339
铵态氮NH+4⁃N0.3490.4430.598∗
硝态氮
NO-3⁃N0.570∗0.641∗
∗0.663∗
磷酸盐Phosphate-0.09
硝化潜式PNR0.542∗
0.4390.467
∗
0.912∗
∗n=15;∗P<0.05;∗∗P<0.01
amoA基因拷贝数(5.99×105—1.21×107)拷贝数/g干土,AOA/AOB为19.29-3.38(图1)。在所有处理中,土壤AOBamoA基因拷贝数在施用尿素处理(N、NPK、NPK+O)土壤中显著高于CK和O处理(图1),这与
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不同施肥处理土壤AOA的amoA基因拷贝数为(1.65×107—3.34×107)拷贝数/g干土,高于AOB的
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PNR的趋势一致。N处理土壤AOAamoA基因拷贝数显著高于CK和O处理(图1)。AOB(r=0.641,P<外,AOAamoA基因拷贝数与碳氮比呈显著的负相关关系(r=-0.545,P<0.05;表2)。2.3 氨氧化微生物群落结构
0.05;表2)和AOA(r=0.570,P<0.05;表2)的amoA基因拷贝数都与NO-3含量呈显著的正相关关系。另
AOA群落间没有显著性差异(R=0.08,P=0.202;表3)。基于AOBamoA基因的T⁃RFLP分析得到4个末端限制性片段,包括tRF60bp、tRF156bp、tRF235bp和tRF256bp(图2)。tRF156bp在CK处理土壤中的相对丰度显著高于其他处理,N处理土壤中tRF256bp的相对丰度最高。O处理土壤中tRF60bp的相对丰度显著高于其他处理。ANOSIM分析表明各处理间土壤AOB群落都有显著性差异(P<0.05;表3)。
基于AOAamoA基因的T⁃RFLP分析得到5个末端限制性片段(图2)。ANOSIM分析表明各处理间土壤
图2 不同处理中土壤氨氧化古菌和氨氧化细菌的群落结构
Fig.2 T⁃RFLPfingerprintsofthearchaeaandbacterialamoAgenefragmentsindifferenttreatment∗平均值+标准误(n=3)
表3 氨氧化细菌和古菌群落的ANOSIM分析
Table3 ANOSIMRandPvaluesforcomparisonsofammonia⁃oxidizercommunitiesusingtheT⁃RFLPdata
R
对照⁃氮CK⁃N对照⁃有机肥CK⁃O对照⁃氮磷钾CK⁃NPK
对照⁃氮磷钾+有机肥CK⁃NPKO氮⁃有机肥N⁃O氮⁃氮磷钾N⁃NPK
氮⁃氮磷钾+有机肥N⁃NPKO有机肥⁃氮磷钾O⁃NPK
有机肥⁃氮磷钾+有机肥O⁃NPKO氮磷钾⁃氮磷钾+有机肥NPK⁃NPKO所有处理Total
0.20.02220.02220.25930.40740.20.7630.11110.4370.4370.08
AOA氨氧化古菌
P0.0770.4090.2940.050.6250.3220.2320.150.0030.0040.202
R10.6740.8820.7730.82210.4370.5260.4960.3190.619
AOB氨氧化细菌
P0.0050.0050.0020.0010.0040.0040.0030.0020.0170.0440.001
通过构建AOB文库,检测到4个tRF片段,包括tRF256bp、tRF235bp、tRF156bp和tRF62bp(图3)。系统发育树表明所有序列都属于亚硝化螺菌(Nitrosospira),主要分为NitrosospiraCluster3a.1、Cluster
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图3 不同处理中氨氧化细菌amoA基因的遗传进化树
Fig.3 Neighbor⁃joiningphylogenetictreeofthebacterialamoAsequencesindifferentfertilizationregimess
3a.2、Cluster3b、Cluster9和Cluster2⁃related。CK土壤O、NPK和NPK+O处理的土壤中NitrosospiraCluster
中主要种群为NitrosospiraCluster3a.1(75%),而在N、
3a.2的比例更高(>50%)。属于NitrosospiraCluster3b
的序列仅在O处理的土壤中检测到,其模拟酶切tRF片段大小为60bp。仅在N处理的土壤中发现模拟酶切tRF片段大小为256bp的序列,它与Nitrosospirasp.Nsp58(Cluster2⁃related)有很高的相似性(97%sequenceidentity)。RDA和BIOENV分析表明pH和土壤含水量可以完全解释AOB群落的变化(100%),是影响AOB群落结构变化的关键因子(rho=0.179,Pr<片段,包括tRF75bp、tRF131bp、tRF324bp、tRF4170.05)(图4)。通过构建AOA文库,检测到7个tRF
图4 不同土地利用方式下土壤氨氧化细菌群落结构RDA分析Fig.4 RDAofsoilparameterseffectonammonia⁃oxidizingbacterialcommunitiesusingtheT⁃RFLPdata
∗不施肥(CK);氮(N);有机肥(O);氮磷钾(NPK);氮磷钾+有机肥(NPK+O)
bp、tRF438bp、tRF441bp和tRF550bp,系统发育树图5)。
表明所有序列都属于ClusterI.1b(Nitrososphaere,
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11期 陈竹 等:施肥方式对干旱半干旱地区土壤氨氧化微生物数量和群落的影响 4583
图5 不同处理中氨氧化古菌amoA基因的遗传进化树
Fig.5 Neighbor⁃joiningphylogenetictreeofthearchaeaamoAsequencesindifferentfertilizationregimess
3 讨论
的基因拷贝数(5.99×105—1.21×107)拷贝数/g干土,这与在潮土[13]、碱性壤土[11]、红壤[12]上的研究结果一致。多数研究表明,碱性土壤中施用氮肥不影响AOA群落丰度[11,23],但在本研究中,无论施用化肥还是有机肥,AOA数量都有升高的趋势,其中,单施尿素处理土壤AOA数量显著高于CK(图1),这与Hu等[24]在干旱半干旱草原上的研究结果一致。在干旱环境中,极低的土壤含水量会阻断物质传递,受根系和微生物吸收铵时分泌氢离子影响,土壤中可能形成大量利于AOA繁殖的酸性微环境。
N、NPK和NPK+O处理土壤的AOBamoA基因拷贝数和PNR显著高于CK(图1),这与Shen[11]、Cui[23]
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不同施肥处理土壤AOAamoA基因拷贝数在(1.65×107—3.34×107)拷贝数/g干土之间,高于AOBamoA
等在碱性土壤上的结果一致,表明施用化肥后会促进AOB的增长,增大硝态氮淋洗的风险。AOBamoA基
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因克隆文库的结果表明,93%以上的序列都属于Nitrosospiracluster3(图4)。Nitrosospiriacluster3在农田土壤AOB群落中的主导地位已经被广泛验证[1,10]。T⁃RFLP分析和文库分析均表明,Nitrosospiriacluster3a.1是CK处理中的优势种群,而施用氮肥后,优势种群转变为Nitrosospiriacluster3a.2(图2,图3)。这与Guo[25]和Chen[26]等的研究结论一致。与CK相比,施用有机肥没有增加AOBamoA基因拷贝数(图1)。有机肥中的铵态氮矿化缓慢,而且有机肥的施用可能促使其他土壤微生物生长并与AOB竞争无机氮[27⁃28]。值得注意的是,Nitrosospiriacluster3b的比例在O处理土壤中显著升高(图2,图3),表明与Nitrosospiriacluster3a相比,Nitrosospiriacluster3b更适应有机氮源[12,29]。
[30]
氨转运膜蛋白amtB的研究发现,amtB只能转运NH3而不能转运NH+。pH降低时,NH3会被离子化形成4[24]NH+的研究表明,只有在供水条件下,施肥才能改变干旱地区土壤4从而降低了氨对AOB的有效性。Hu等
BIOENV和RDA分析表明pH和含水量是解释AOB群落结构的最佳环境因子组合。对大肠杆菌E.coli
氨氧化微生物的群落结构和丰度。在干旱缺水条件下,施用的肥料会因无法溶解而难以被AOB所利用。此外,无论尿素还是有机氮都需经过微生物代谢才能形成氨,而土壤含水量直接影响微生物的活性。总的来说,在干旱半干旱地区,土壤pH和含水量都可以通过改变氨的生物有效性来影响氨氧化微生物的群落结构。
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