法律分析：个人所得税是按扣除五险一金之后的工资计算。
应纳税所得额=工资收入金额-各项社会保险费-起征点(5000元)
应纳税额=应纳税所得额x税率-算扣除数。
按照国家规定，单位为个人缴付和个人缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金，从纳税义务人的应纳税所得额中扣除。
因此，依据上述规定，公司在为个人缴纳和应由职工个人缴纳的社保基金时，只要不超过当地政府所规定的比例，公司代扣代缴个人所得税的社保扣除数应包含公司为个人缴纳的部分和个人缴纳部分。超过规定比例的部分不允许个人所得税前扣除。
法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》
第二条 下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。
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