公司不给员工申报个税的目的如下：
1、在不增加企业成本的情况下增加员工实际收入，增加员工实际到手收入也就是增加了企业在劳动力市场上的竞争力。
2、履行法定义务，保障支出的工资等能够税前扣除，确保企业合规经营；
3、有机会获得2%的手续费返还，这个需要企业按照要求提交申请（当然还要企业员工有实际缴纳税款，新个税法改革后，年度累计的情况下不少打工人不一定有为国贡献个税的机会）。
公司不给员工申报个税不合法。法律上如果不缴纳个税肯定是要承担责任的，对于上班的工薪族来说，若没有按期缴纳个税，则属于用人单位的责任，因为税费在发放工资报酬之前就应有公司财务予以扣除并缴纳。公司不给员工申报个税，对员工的影响：未申报个人所得税的后果是：纳税人、扣缴义务人在规定的期限内不缴，或者少缴应缴的税款，逾期不缴的，税务机关除了可以采取强制执行措施外，还可以依照法律的规定，对没有缴纳或者少缴税款的，判处罚款额百分之五十以上五倍以下的罚款。
法律依据：
《中华人民共和国税收征收管理法》第三条
税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行;法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。
《中华人民共和国税收征收管理法》第四条
法律、行政法规规定负有纳税义务的单位和个人为纳税人。法律、行政法规规定负有代扣代缴、代收代缴税款义务的单位和个人为扣缴义务人。纳税人、扣缴义务人必须依照法律、行政法规的规定缴纳税款、代扣代缴、代收代缴税款。
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