法律分析：
当公司犯罪证据被排除后，内部纷争可能会随之而来。在这种情况下，应该依据以下法律规定来处理：
1. 《中华人民共和国刑事诉讼法》第七十二条规定：“证据不充分或者证据违法所得的证据排除后，对被告人无罪的，应当宣告无罪。”因此，如果公司犯罪证据被排除后，被告人无罪，公司应该消除对被告人的指控，防止对其名誉的损害。
2. 《中华人民共和国劳动法》第四十九条规定：“用人单位有下列情形之一的，应当依法承担赔偿责任：（一）未按照国家规定签订劳动合同或者未向劳动者支付劳动报酬；（二）违反劳动安全卫生规定，造成劳动者工伤、职业病或者死亡；（三）其他依法应当承担赔偿责任的情形。”如果因公司犯罪而导致员工损失，公司应当依法承担相应的赔偿责任。
3. 《中华人民共和国侵权责任法》第二十四条规定：“因不可抗力或者被害人过错致使损失发生的，侵权人不承担侵权责任。”如果公司的犯罪行为是由于不可抗力或被害人过错导致的，侵权人（公司）不承担侵权责任。
法律依据：
1. 《中华人民共和国刑事诉讼法》第七十二条
2. 《中华人民共和国劳动法》第四十九条
3. 《中华人民共和国侵权责任法》第二十四条
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