法律分析：纳税人丢失已开具增值税专用发票或机动车销售统一发票的抵扣联，可凭相应发票的发票联复印件，作为增值税进项税额的抵扣凭证或退税凭证；纳税人丢失已开具增值税专用发票或机动车销售统一发票的发票联，可凭相应发票的抵扣联复印件，作为记账凭证。公司发票丢失，会对纳税信用评价产生一定影响，并且可能会予以罚款，但是不是由于自身管理因素造成的发票丢失，应当跟税务局说清楚原因，避免扣分。最近几年，纳税信用评价扣分主要是三个方面：
1.未按照规定期限纳税申报或代扣代缴。
2.未按照规定保管好纸质发票而造成的大票的损毁、遗失等。
3.办理纳
法律依据：《中华人民共和国发票管理办法》 第三十六条 跨规定的使用区域携带、邮寄、运输空白发票，以及携带、邮寄或者运输空白发票出入境的，由税务机关责令改正，可以处1万元以下的罚款；情节严重的，处1万元以上3万元以下的罚款；有违法所得的予以没收。丢失发票或者擅自损毁发票的，依照前款规定处罚。
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