2004年，为进一步加强近岸海洋生态系统保护工作力度，国家在我省
近岸海域设立了杭州湾和乐清湾2个生态监控区，首度实施了海洋生态业务化监测。
海洋生态健康：指生态系统保持其自然属性，维持生物多样性和关键生态过程稳定并持续发挥其服务功能的能力。近岸海洋生态系统的健康状况评价依据海湾、河口、滨海湿地、珊瑚礁、红树林、海草床等不同生态系统的主要服务功能、结构现状、环境质量及生态压力指标。海洋生态系统的健康状况分为健康、亚健康和不健康三个级别，按以下标准予以评价。
健 康：生态系统保持其自然属性。生物多样性及生态系统结构基本稳定，生态系统主要服务功能正常发挥；环境污染、人为破坏、资源的不合理开发等生态压力在生态系统的承载能力范围内。
亚健康：生态系统基本维持其自然属性。生物多样性及生态系统结构发生一定程度变化，但生态系统主要服务功能尚能发挥。环境污染、人为破坏、资源的不合理开发等生态压力超出生态系统的承载能力。
不健康：生态系统自然属性明显改变。生物多样性及生态系统结构发生较大程度变化，生态系统主要服务功能严重退化或丧失。环境污染、人为破坏、资源的不合理开发等生态压力超出生态系统的承载能力。生态系统在短期内无法恢复。
4.1 杭州湾生态监控区
杭州湾是世界典型强潮河口湾生态系, 具有很高的生态价值。建立杭州湾生态监控区旨在通过对典型强潮河口湾生态系统中海洋生态环境的变化、湿地与海岸带变迁、渔业资源对海洋开发的响应和海洋生物多样性与生物量的关系等四方面的监测调查，掌握该区域的生态变化背景，合理调整和控制该区域的海洋开发活动，防止该区域生态环境进一步恶化，为杭州湾区域环境与经济的可持续发展提供科学依据。
2004年杭州湾生态监控区监控面积约5000平方公里。
2004年生态监测结果表明：杭州湾生态系统处于不健康状态。受陆源排污影响，春季和夏季全部海域受无机氮严重污染，春季2/3的海域受活性磷酸盐严重污染，夏季活性磷酸盐中度或严重污染海域超过1/4，水体严重富营养化，营养盐比例失衡。海洋污染、海洋工程和过度捕捞共同作用造成了生物多样性的下降，海洋生物群落结构发杭州湾生态监控区 生改变，杭州湾在20世纪80年代浮游植物71种，浮游动物和游泳动物合计130种，底栖生物栖息密度为99个/m2；2004年生态监测结果为浮游植物48种，浮游动物和仔鱼合计61种，底栖生物栖息密度为40个/m2。产卵场退化，鱼卵、仔鱼种类少，密度低，平均密度仅0.7个/m3鱼卵和3.0个/ m3仔鱼。沿岸和河流上游大型工程建设，造成溯河和降海洄游性水生生物的洄游通道不畅，日本鳗鲡和中华绒螯蟹苗种产量急剧下降。滩涂围垦和海岸工程导致湿地面积减少，底栖生物栖息地丧1986-2004年杭州湾海岸带围垦淤涨与侵蚀专题图 失。卫星遥感监测表明1986至2004年间，因围垦淤涨而增加的陆地面积达353.274783平方公里，因蚀退造成的陆地面积累积减少仅为1.478185平方公里。 陆源排污、围填海和回流通道不畅等是导致杭州湾生态系统不健康的主要因素。
4.2 乐清湾生态监控区
乐清湾是浙江省一重要的海湾生态系，也是我国水产贝类缢蛏、牡蛎、蚶等的苗种基地。建立乐清湾生态监控区旨在通过对乐清湾海洋生态环境、渔业生物资源、水动力情况及水环境要素等监测，掌握乐清湾海洋生态环境的动态变化趋势，为海洋生态建设、减轻海洋生态灾害损害、区域性海洋生态环境保护和管理提供科学依据。
2004年，乐清湾生态监控区监控面积为463.6平方公里。
2004年生态监测结果表明：
乐清湾生态监控区
乐清湾生态系统处于亚健康状态。受陆源排污影响，春季全部海域受无机氮严重污染，同时60%以上的海域受活性磷酸盐严重污染，夏季近40%的海域受无机氮中度或严重污染，同时60%以上的海域受活性磷酸盐中度或严重污染。乐清湾生态监控区海洋生物多样性下降， 海洋生物群落结构发生改变，20世纪70年代末和80年代初浮游植物有102种，浮游动物有94种，底栖生物栖息密度为86个/m2；2004年生态监测结果为浮游植物54种，浮游动物79种，底栖生物栖息密度为41个/m2。乐清湾大规模的筑堤围垦和堵港蓄淡工程使海岸逐渐趋于平直，曲折率变小，流场改变，水动力减弱，海水交换能力下降，环境容量减少；水流携沙能力降低，海湾沉积速
率加剧，海湾淤积状况严重，底质环境发生变化。乐清湾滩涂作为养殖的利用率已由20世纪80年代初的60%提高到现在的90%以上，从而导致经济价值不高的贝类缺少生存空间，总生物量和种类数逐年下降，海洋食物链已经遭到严重破坏，赤潮现象时有发生。
围填海、陆源排污和养殖自身污染等是威胁乐清湾生态系统健康的主要因素。
沪苏浙签订推进长三角海洋生态环境保护与建设合作协议 2004年11月底，经上海、江苏、浙江二省一市共同商议，达成了沪苏浙推进“长三角”海洋生态环境保护与建设合作协议。协议就 “开展海洋环境保护与建设区域合作的行动计划研究、推进赤潮等海洋灾害防治合作、加强信息共享和近岸污损应急机制及平台建设、促进海陆联动的入海污染物控制以及加快产业结构调整促进生态平衡”等六个方面提出了二省一市的合作框架。 该协议的签订将进一步发挥上海、江苏、浙江二省一市海洋主管部门优势，完善沟通商议、协调落实的合作机制，为推进“长三角”海洋生态环境保护与建设，建成海洋生态环境良好、海洋经济持续发展的“长三角”海洋生态经济圈提供坚实基础。 00
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