根据基床病害形成的原因，可以通过以下方法进行处理：
1、针对路基表面排水不良，调查沿线水文情况，对有条件的地段增加侧沟、横沟。同时对既有水沟地段进行改造，如增加深侧沟深度，改进水沟构造，提高过水能力，有效疏导、降低地下水位，从而减低基床面含水量，提高承载力；
2、铺设砂垫层。结合线路中修施工增加或更换原有砂垫层。砂垫层应设置为顶宽2.3m，厚度为0.2m，铺设于基床表面，铺设长度应在翻浆地段向两端延长各10m同时设置好排水坡；
3、铺设防水层。根据基床翻浆地段的道床厚度、土质情况合理选用防水层。对于由于土质不良而造成的路基下沉，可在全面清除道碴槽及道碴囊后（深度为枕底0.6m），铺设底砂、隔水网以及面砂；当基床为石质路基且道床厚度在0.4m左右时，可使用高度ZL-1型路基布，路基面上垫0.03m~0.05m的'底砂，路基布上垫0.10m~0.12m的面砂，同时确保清碴层的厚度不少于0.25m；当基床为黄土质砂粘土、红粘土时，可用普通涂塑布，要求清筛深度为0.55m，其中底砂厚0.10m，面砂厚0.15m，清碴厚0.30m；
4、根据路基土质情况，采取降落路基与调整线路纵断面相结合的方法改善道床断面，一是对于道床要及时进行补充道碴。特别是桥涵两头和路基下沉地段，极易出现道碴缺少病害，这时就要补充道碴。二是要根据道床的板结情况及时安排相应的清筛，并结合清筛施工合理设置线路纵断面，恢复道床的弹性，减少对路基面的冲击力；
5、更换优质道碴，替代原石灰岩质碎石道碴，同时采用机械化捣固减少对道碴的破坏,提高道床的密实度及弹性。
6、无缝线路，进行有计划的接头打磨降低接头对道床及路基的冲击振动，提高路基承载力。