眼药宜存放在阴凉、避光的地方，室温最好不超过25℃。但夏季室温超过了25℃，因此眼药在夏季应放在冰箱内保存。因为温度、光线、时间是影响眼药药效的三大主要因素。
已开封或溶解后的眼药如利福平眼药等，不宜久置，使用时间一般是三五天，至多不超过一周。用不完的眼药必须丢弃，不能放到下次患病时再用。每次使用眼药前都要检查眼药的色泽、透明度、有无霉菌、使用中是否刺激性突然增强等等，一旦发生这些变化，不论眼药开封、溶解时间多么短也不能再用。
开眼药瓶盖时应先洗手，开瓶所用的剪刀、针应严格消毒；滴药时不能靠近眼皮，以防眼病污染入药瓶内；滴完后必须将药瓶盖扭紧，防止空气带菌侵入；有的眼药如治疗青光眼的毒扁豆碱、贝他根等，保管和使用时还应注意避光。