抄写时间不同,中间曾有修订。书的质量不同。由于抄书人水平参差,工作态度各异,也造成许多错讹。以文津阁本为例:文津阁本是北方四阁本最后一部抄成的,且距第一部文渊阁本成书有三年之久,对前三阁抄本存在的一些讹误作了修正,《四库全书》在成书后,曾作过两次全面复查。其中与文渊阁本仅集部差异达百分之六十二,史部差异则达百分之五十一。这些差异不仅存在于文字、提要和序、跋、附录,甚至在篇、卷上也存在重大差异,仅以宋人别集而言,文津阁本多于文渊阁本即有一百二十八种书一千多篇文。