以个人身份参加城镇职工医疗保险市级统筹参保一档可以申报的特殊疾病病种有4种，包括恶性肿瘤放疗、化疗、镇痛治疗，肾功能衰竭病人的透析治疗，肾移植后抗排异治疗以及血友病。而以个人身份参加城镇职工医疗保险市级统筹参保二档可以申报的特殊疾病有20种，其中包括恶性肿瘤放疗、化疗、镇痛治疗，肾功能衰竭病人的透析治疗，肾脏、肝脏、心脏瓣膜、造血干细胞移植后抗排异治疗，血友病，糖尿病1型、2型，系统性红斑狼疮，高血压(1级高血压中高危和很高危、2级高血压、3级高血压)，冠心病，风湿性心瓣膜病，脑血管意外后遗症(脑梗死、脑出血、蛛网膜下腔出血后遗症)，支气管哮喘、慢性支气管炎伴阻塞性肺气肿、慢性肺源性心脏病，肝硬化(失代偿期)，再生障碍性贫血，精神分裂症、心境障碍(抑郁躁狂症)、偏执性精神障碍，结核病(肺结核、肺外结核)，重度前列腺增生，类风湿性关节炎，帕金森病，肌萎缩侧索硬化症以及骨髓增殖性疾病(真性红细胞增多症、原发性血小板增多症、原发性骨髓纤维化症)。