在员工离职通知中，公司可以采取以下措施来保护自身利益和机密信息：
明确通知程序： 确定员工离职通知的程序和时间，以便公司有足够的时间做好交接和安排。
撤销权限： 在员工离职前，及时撤销其对公司系统、文件和机密信息的访问权限，防止信息泄露。
清除设备： 要求员工在离职前清空个人设备上的公司资料，或者由公司负责清除设备上的公司信息。
交接工作： 确保员工将手头工作和项目交接给其他同事，并提供必要的培训和支持。
签署保密协议： 对于涉及机密信息和知识产权的员工，可以要求其签署保密协议，明确离职后仍需保密的责任。
监控离职员工： 在员工离职期间，可以进行必要的监控，确保其没有违规行为或擅自带走公司资料。
处理公司财物： 确保员工在离职时归还公司财物，如钥匙、证件、设备等。
保留备份： 在员工离职后，及时备份和归档其工作文件和电子邮件，以便日后查阅。
通过以上措施，公司可以有效保护自身利益和机密信息，避免因员工离职而导致信息泄露或损失。