这朱允炆虽说是名正言顺的从朱元璋那里接过皇位的，也饱读诗书为人醇厚，但其性格怯懦，颇具文人特点，确实不适合做个一朝君主。而各个区域的藩王对他也很不服气，渐渐起了叛乱之心，这其中就包括他的叔叔朱棣，可以说朱允炆的皇位一直在被虎视眈眈觊觎着。
本就孤立无援的朱允炆在削藩时得罪了众多藩王，朱棣也是在此时起兵谋反的。自知大势已去的朱允炆火烧皇宫，朱棣赶到时只看到了一具被烧焦的尸身，无法辨别其真实身份。虽是心存怀疑，但也只好作罢。
朱允炆
分歧点便是从这里开始，后世关于朱允炆的去向有很多种说法。
有一说朱允炆根本就没死，一场火只是为了脱身，其实他是将帝位禅让给了自己的叔叔朱棣。这一说法不太可信，都说朱棣的性格与朱元璋是最为接近的，心狠手辣斩草除根，不太可能为自己留下隐患。心慈手软的人做不好皇帝，朱棣算不得一个好人，但确实是一个好皇帝。
朱棣
还有一流传甚广的说法，说是朱允炆其实一直是在普洛寺避难。朱棣对于朱允炆自焚而死这一结果一直心存怀疑，一天不真相大白，朱棣便一天无法安心。果然在朱棣晚年时期，有人找到了朱允炆的下落，是在江苏普洛寺避难。但那时的朱允炆早已无心朝政，朱棣见此便放了他一马。朱允炆也算是晚年平安，死时四十六岁。
也有其他的一些说法，大意都是朱允炆为远离灾祸，或藏于深山，或隐于寺庙。