蛋白质是需要经过肝脏加工才能转化成人体自身物质，且蛋白质在体内代谢时会产生尿素、氨、肌苷等含氮物质，要经过肾脏来排泄。如果健身期间大量的食用蛋白粉，会增加肝、肾的负担，从而导致肾脏功能的下降。
影响骨骼健康健身期间，过多的食用蛋白粉，容易因过高的蛋白质摄入而增加尿中的钙质的流失，从而对骨骼健康有所损伤，严重的甚至导致骨质疏松。
不利于减脂人体内多余的蛋白质在经过消化吸收之后，肝脏会使其转化为肌糖原或肝糖原储存，而如果健身过程中，大量的食用蛋白粉，会使得体内储存的肝糖原或肌糖原已经足够，多余的就会转变成脂肪贮存起来，从而引发肥胖。
增加结石风险长期在健身后大量的食用蛋白粉，会导致蛋白质过量摄入，尿钙排出量增加，也会增加肾结石的风险。
加重痛风症状本身患有痛风的病人，在健身运动后大量的食用蛋白粉，特别是食用以大豆蛋白为主要成分的蛋白粉，容易因大豆中的嘌呤而造成体内尿酸增高，从而导致痛风症状加重。